La prima chiesa di San Filippo Neri venne iniziata nel 1665 e terminata dopo una serie di rifacimenti e ampliamenti nel 1718, ovvero più di mezzo secolo dopo l’arrivo dei padri filippini a Recanati, i quali si stabilirono in città intorno al 1656.
La chiesa che vediamo oggi è frutto della nuova riedificazione iniziata nel 1719. Il primo edificio, anche se appena ultimato, risultò immediatamente angusto e poco idoneo ad accogliere la numerosa comunità di fedeli, che sin da subito si formò intorno ai Padri Filippini.
L’ultimazione della chiesa si deve al disegno dell’architetto Romolo Broglio di Treia. La benedizione del nuovo edificio avvenne solennemente il 26 marzo 1724. L’interno, come gli altari e le decorazioni varie vennero realizzati e rifatti magistralmente in diversi momenti, dopo il 1734.
L’altare maggiore, in pieno stile barocco, certamente il più bello nella regione, venne realizzato nel 1735 su modello del Beato Luigi Gonzaga, disegnato da Adrea Pozzo per il transetto destro della chiesa di S. Ignazio a Roma. Al centro il dipinto di Pier Simone Fanelli raffigurante “S. Filippo nelle catacombe (Pentecoste).”
L’Architetto comasco Pietro Augustoni disegnò la bella facciata in stile neoclassico nel 1774.